Japeri é um dos municípios da Baixada Fluminense que mais captou recursos junto ao Ministério da Saúde, no ano de 2012. Os gestores da cidade conseguiram aprovar diferentes projetos, num total de seis milhões. Cerca de 20% deste valor já está disponível e representa R$1.055.509,07. Os recursos serão utilizados para a aquisição de equipamentos, ambulâncias, construção de pólos de academias nas unidades básicas de saúde, entre outras iniciativas. Os repasses são do Governo Federal, através do Fundo Nacional da Saúde.

Numa comparação com outros municípios da Baixada Fluminense Japeri ficou atrás apenas de Duque de Caxias. As informações fazem parte de um relatório preparado pelo Consórcio Intermunicipal de Saúde da Baixada Fluminense (CISBAF), com dados
do Ministério da Saúde.